1948 жылдың қараша айынан бастап Қостанай қаласында 4 педиатрия участкесімен, 50 орындық соматикалық балалар ауруханасы бар алғашқы балалар одағы құрылды. 1948 жылы тек 3 маман жұмыс істеді: тіс дәрігері, көз дәргері және хирург. 1957 жылы балалар саны 22 мыңға жуық болатын 20 медициналық пункт бар, педиатрлар 24, оның 10-ы аудандық дәрігерлер. Қаланың халқы өсіп келеді және осыған тең негізде участкелер саны, педиатрлар өсіп, балалар бірлестігі күшейе түсуде. 1963 жылы бірлестікке  балалар инфекциялық ауруханасы қосылды. 1967 жылдан бастап әр емханада егу кабинеттері құрылды. 1973 жылдан бастап жаңа соматикалық ,ал 1992 жылдан бастап жаңа аурухана жұқпалы ғимарат ашылды. 2013 жылдың маусым айында жалпы қалалық емханалар, амбулаториялық-емханалық бөлімдер мен 33 мың тіркелген балалар ересектер емханаларына жіберілді. 2014 жылдың 2 маусымынан бастап «Қостанай қалалық балалар ауруханасы» КМК базасында жаңа бөлімше ашылды. Орталық жүйке жүйесінің органикалық зақымданған балалары үшін ретке келтіру және  медициналық оңалту бөлімшесі. Бөлімше базасында 15 бала бір мезгілде қалпына келтірілуі мүмкін (2015 жыл 1 қаңтардан бастап  осы оңалту түріне сұранысқа байланысты бөлімшеде төсек саны 30-ға дейін көтерілді). Қалпына келтіру емінің ұзақтығы 21 күн. «Қостанай қалалық балалар ауруханасы» КМК - қаланың Қостанай облысының балаларына қызмет көрсететін медициналық мекемесі.



Біздің аурухананың негізгі қызметі:1. кепiлдi көлемi шеңберiнде  тегін  медициналық көмектi балаларға  білікті, мамандандырылған  кеңес беру-диагностикалық, стационарлық-стационарлық және стационарлық нысанда көмек көрсету.
2. Ақылы медициналық қызметтер көрсету.
3. Диагностика, зертханалық диагностика.
4. Сараптамалық медициналық қызмет.
5. Фармацевтикалық қызмет.
6. Жаңа ғылыми жетістіктерді практикада енгізу тәжірибесін зерттеу, жалпылау және тарату.
7. Аурулардың алдын алуға, салауатты өмір салтын насихаттауға бағытталған іс-шараларды жүзеге асыру.
2017 жылдың 1 қаңтарынан бастап төсек қоры 145 орынға дейін кеңейтілді.
 

 
Стационарлық көмек
Педиатрия бөлімшесі - 55 төсек
30 төсекке арналған балалар бөлімшелері бар күндізгі стационар.
Жұқпалы бөлімшесі – 60төсек
Органикалық МСН бұзылған балаларды ретке келтіру және оңалту  бөлімшесі - 30 төсек
Сонымен қатар, жан сақтау бөлімшесі - 6 төсек.
   *Зертханалық-диагностикалық бөлім «ЗЕРТХАНА»
*Гематологиялық зерттеулер.
*Жалпы клиникалық зерттеу.
*Биохимиялық зерттеулер.
*Иммуноферментті зерттеулер.
 
Сондай-ақ, «Диагностика»
*ФГДС
*Спирография
*Рентгенография, рентгенологиялық тексеру
*УДЗ, эхокардиография
*ЭКГ
* РЭГ, ЭЭГ, эхоЭГ